索引文件格式
====================

在本节中，我们将使用“索引文件格式”，以纯文本配置为例

加载FASTA格式的索引
****************

首先，我们假设正在建立Volvox mythicus（Volvox属中的一个神话物种）的基因组。
Volvox基因组已由测序中心在2018年进行了测序，他们想立即设置JBrowse。
他们为我们提供了指向其FASTA文件的链接，我们将下载该文件

::

    mkdir data
    curl -L https://jbrowse.org/code/JBrowse-1.16.7/docs/tutorial/data_files/volvox.fa > data/volvox.fa


我们将使用samtools的 ``faidx`` 命令来创建“ FASTA index”.
FASTA index能将非常大的FASTA文件“按需”下载到JBrowse中.
例如, 仅下载特定视图所需的序列.

::

    samtools faidx data/volvox.fa

FASTA index将是一个名为volvox.fa.fai的文件。 然后，我们将这些文件移到JBrowse可以使用的“数据目录”中

然后创建文件data / tracks.conf,使用以下内容

::

    [GENERAL]
    refSeqs=volvox.fa.fai
    [tracks.refseq]
    urlTemplate=volvox.fa
    storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/IndexedFasta
    type=Sequence


此时，您应该可以打开http://localhost/jbrowse/?data=data（或者打开http：//localhost/jbrowse/),
您就会看到带有参考序列轨迹的基因组。
示例图如下:

.. image:: https://i.loli.net/2020/01/29/oBIGKYMH3sJTEyX.png


加载Tabix GFF3
************************
我们将使用的新生成的“基因注释”文件

::

    curl -L https://jbrowse.org/code/JBrowse-1.16.7/docs/tutorial/data_files/volvox.gff3 > data/volvox.gff3

当我们处理GFF3以在JBrowse中使用时，我们的目标是使用GFF3Tabix格式。 T
abix格式允许随机访问类似于Indexed FASTA的基因组区域。因此,
我们必须首先对GFF进行排序以为Tabx做准备

::

    sort -k1,1 -k4,4n data/volvox.gff3 > data/volvox.sorted.gff3
    bgzip data/volvox.sorted.gff3
    tabix -p gff data/volvox.sorted.gff3.gz

在data/tracks.conf中加入一下配置:

::

    [tracks.genes]
    urlTemplate=volvox.sorted.gff3.gz
    storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/GFF3Tabix
    type=CanvasFeatures

完成!

加载BAM
************************

如果已获得序列比对，也可以创建一个显示比对的“比对”轨迹
对于volvox，我们得到一个文件

::

    curl -L https://jbrowse.org/code/JBrowse-1.16.7/docs/tutorial/data_files/volvox-sorted.bam > data/volvox-sorted.bam


请注意，此BAM文件已经排序。 如果您的BAM未排序，则必须对其进行排序以在JBrowse中使用。使用以下命令行:

::

    samtools index data/volvox-sorted.bam

最后在data/tracks.conf中添加以下内容:

::

    [tracks.alignments]
    urlTemplate=volvox-sorted.bam
    storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/BAM
    type=Alignments2

检查您的文件是否已经加载成功
*********************

此时，如果jbrowse文件位于您的Web服务器中，则应具有目录布局，例如

::

    /var/www/html/jbrowse
    /var/www/html/jbrowse/data
    /var/www/html/jbrowse/data/volvox.fa
    /var/www/html/jbrowse/data/volvox.fa.fai
    /var/www/html/jbrowse/data/volvox.sorted.gff3.gz
    /var/www/html/jbrowse/data/volvox.sorted.gff3.gz.tbi
    /var/www/html/jbrowse/data/volvox-sorted.bam
    /var/www/html/jbrowse/data/volvox-sorted.bam.bai
    /var/www/html/jbrowse/data/tracks.conf

你的tracks.conf文件夹中的内容如下:

::

    [GENERAL]
    refSeqs=volvox.fa.fai

    [tracks.refseq]
    urlTemplate=volvox.fa
    storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/IndexedFasta
    type=Sequence

    [tracks.genes]
    urlTemplate=volvox.sorted.gff3.gz
    storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/GFF3Tabix
    type=CanvasFeatures

    [tracks.alignments]
    urlTemplate=volvox-sorted.bam
    storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/BAM
    type=Alignments2



然后，您可以访问http：// localhost / jbrowse /将自动加载“data”目录。

示例图如下:

.. image:: https://i.loli.net/2020/01/29/sqaibQEHCl8fOMv.png

祝贺!
************

您现在成功配置了JBrowse.